種子從不同的角度，可以區分為多種的類別。
從種子的來歷，可分為二類：本有種子，新熏種子。
(1) 本有種子：無始以來就在第八阿賴耶識的自體中具足，而能開發萬法的功能勢力。功能就是種子的別名，同時，也是表其特性的。這在哲學上叫做性能。是含有力量和作用的意思。因它是先天固有的，所以名本性住種。
(2) 新熏種子：與本有種子相反，不是原來就有的，而是通過互相熏習而來的。這是由於七轉識的作用，在第八識的自體中，再為熏習現行的習氣，故又名習所成種。諸法的生起，除了見道初剎那的無漏智，是從本有種子生起外，其作的一切法，無不由本有、新熏二種子的和合而生。
種子按其性質，從染淨角度 可分為有漏、無漏兩種，流轉生死的有為法就是有漏種子；屬於解脫法門熏成的就是無漏種子。
(1) 能產生諸現象（眾生之迷界）者，稱為有漏種子。
(2) 能生菩提之因者，稱為無漏種子。
有漏即有煩惱，有變化的；無漏即清淨不變的。唯識學認為，有漏種子因煩惱惑業而增長，可以通過智慧修學而減少，乃至完全消滅；而無漏種子則不能被消滅，而能通過修學佛法令其增長。
有漏種子復可分為二類：
(1) 能產生與種子同種類之現象者，稱為名言種子、等流種子、等流習氣。
(2) 可幫助名言種子，以善惡業而產生異熟作用者（即具有產生當來有漏果之功能），稱為業種子、異熟種子、有支習氣、異熟習氣。
上述之中，名言種子係一切諸法之「親因緣」種子，乃以名言為緣所薰成之種子，又分成表義名言與顯境名言兩種。
(1) 表義名言種子，指於名言（名、句、文等）中詮表諸法之義者；第六識即緣此名言，隨其語言音聲而變現一切諸法之相狀，由之所薰成之種子。
(2) 顯境名言種子，指緣前七識之見分（認識諸法相狀之作用）為境，隨緣所薰成之種子。
若就現行所受用之情形而言，名言種子又有共相與不共相二種名言種子。
(1) 共相名言種子，如日月、星辰、山河、大地等，舉凡可供自他共同受用者，是為共相；能生起此類共相境界之種子，皆稱為共相名言種子。
(2) 自相名言種子，例如各人之身體，僅能供一己受用；能變現此等自相之種子，稱為自相名言種子。
又就作用而言，共相與不共相之名言種子均由共業與不共業之業種子為之資助，始能招感其相，即共業種子資助共相種子，始能招感共相；不共業種子資助不共相種子，始能招感不共相。準此可知，大乘唯識之宗義，乃謂無論依報、正報等一切萬法皆由種子所變現者。
由種子的種類可以看出我人之所以流轉生死，並有種種不同的果報，就是因為七轉識對外境起攀緣，執有實在的我法，致使身口意造作種種業，由此業種聚集在第八識中，因緣成熟又招感未來的果報體。都是因為我們所種的業種子不同，若種善種即得善報，種惡種即得惡報，若多聞熏習，持戒修行即可轉染成淨，轉識成智(轉染污的前五識為成所作智、轉第六識為妙觀察智、轉第七識為平等性智、轉第八識為大圓鏡智)，出離生死輪迴，得到人生的解脫，成就大菩提果。
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